Фамилия Шукунов — один из тех случаев, когда формально русская модель образования (-ов) скрывает нерусскую, тюркскую основу. Если не копать глубже, можно принять её за типичную «отчество» от славянского имени или прозвища, но это не так.

Разбираем слово: в основе лежит личное имя Шукун. В тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском, кумыкском и ногайском, «шукун» (или «шокун») означает «радость», «веселье», «ликование». Соответственно, Шукун — это имя-пожелание, которое давали ребёнку, чтобы его жизнь была счастливой и радостной. По другой, менее распространённой версии, корень может восходить к арабскому «шукр» (благодарность), но фонетика ближе именно к тюркскому значению.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе Шукун прибавили суффикс -ов, который в данном случае не указывает на принадлежность (чей сын?), а просто русифицировал фамилию при документальном оформлении. Такая замена тюркских окончаний (-лы, -улы) на русские -ов/-ев массово происходила в XIX — начале XX века при переписях и выдаче паспортов.

Географически фамилия Шукунов чаще всего встречается среди народов Северного Кавказа (особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии), а также у кумыков в Дагестане. В русских регионах она редка и обычно указывает на миграцию из этих областей.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий, где корень угасает, имя Шукун до сих пор бытует как полноценное личное имя у балкарцев и карачаевцев. Поэтому Шукунов — не «застывшая» фамилия, а живая связь с именем, которое до сих пор дают детям. Социально предки носителя фамилии, скорее всего, были свободными общинниками или узденями (сословие мелких феодалов или свободных крестьян), а не знатью, так как княжеские фамилии в этом регионе обычно сохраняли тюркские окончания дольше.