Фамилия Шукшунова — женская форма фамилии Шукшунов, и её разбор стоит начать с необычной основы. В русских фамилиях редко встречается корень «шукш-», что сразу выделяет её из ряда типичных «Ивановых» или «Петровых». Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность (чей? — Шукшунов), окончание -а — женский род. Но главная загадка — в происхождении самого прозвища Шукшун.

Скорее всего, в основе лежит диалектное или устаревшее слово. Можно предположить связь с глаголом «шукать» (искать, разыскивать) в некоторых южнорусских говорах, но тогда форма «шукшун» выглядит как вторичное образование с суффиксом -ун-, характерным для прозвищ по действию (ср. «бегун», «крикун»). В таком случае Шукшун — человек, который постоянно что-то ищет, «шукает», возможно, суетливый или дотошный. Менее вероятна, но не исключена версия от тюркского корня: в татарском языке есть слово «шук» (озорной, шаловливый), а «шукшун» могло означать «проказник». Однако для окончательного вывода не хватает географической привязки: фамилия встречается в Поволжье и на Урале, где исторически смешивались русские и тюркские диалекты, что делает обе версии рабочими.

Суффикс -ун- в русских фамилиях — редкий гость. Обычно он закреплялся за прозвищами, которые давали по яркой черте характера или поведения (Ворчун, Молчун). Если Шукшун — именно такое прозвище, то предок носительницы фамилии был человеком заметным в своей общине: либо неутомимым искателем чего-то, либо, наоборот, тем, кого дразнили за излишнюю суетливость. Сословная принадлежность неясна — фамилия не княжеская и не духовная, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как образована от прозвища, а не от имени в святцах.

Интересно, что фамилия Шукшунов (и Шукшунова) не имеет очевидных однокоренных «родственников» вроде Шукшина, хотя внешнее сходство есть. Фамилия Шукшин происходит от прозвища Шукша (от коми-зырянского «шук» — глухарь или от тюркского «шук» — тишина), и это другой корень. Шукшунова же стоит особняком — её носителям стоит искать свои корни не в Сибири, а в регионах, где бытовали старые русские говоры с глаголом «шукать» или где чувствовалось влияние татарского языка.