Фамилия Шукшинова — женская форма фамилии Шукшинов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шукша. Это слово в русских говорах имеет несколько значений. В архангельских и вологодских диалектах «шукша» — это мелкий лесной сор, щепки, труха; в переносном смысле так могли назвать неопрятного или суетливого человека. В сибирских говорах «шукша» — это вид утки (широконоска), и прозвище могло достаться охотнику или человеку, чем-то напоминавшему эту птицу — например, с широким носом или характерной походкой. Есть и тюркская версия: в казахском и башкирском «шукша» означает «кривой», «косой», что тоже могло стать прозвищем по внешности.

Суффикс -ов в фамилии Шукшинов указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ и мирских имён: Шукша → Шукшин → Шукшинов. Здесь интересна двойная суффиксация: сначала патронимический суффикс -ин (чей? — Шукшин), а затем ещё один -ов, что в истории фамилий встречается реже. Такая форма могла закрепиться в документах при переписи, когда писарь «нарастил» суффикс для единообразия, или же изначально было два разных варианта фамилии — Шукшин и Шукшинов, которые сосуществовали в одной местности.

Географически фамилия Шукшинов (и Шукшинова) наиболее характерна для Поволжья — особенно для Самарской, Саратовской и Ульяновской областей. Встречается она и в северных регионах, что подтверждает диалектную версию происхождения. Сословно предки-носители фамилии скорее всего были государственными крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли службу на южных и восточных рубежах России. Прозвище Шукша, лёгшее в основу, не несёт негативного оттенка: в крестьянской среде такие бытовые имена по птицам, предметам или природным явлениям были обычным делом.

Если сопоставить с однокоренными фамилиями — Шукшин, Шукша, Шукшов, — то Шукшинов стоит особняком именно из-за редкой модели с двойным суффиксом. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи упоминаются как результат канцелярской вариативности XIX века. Так что человек с фамилией Шукшинова может с уверенностью сказать: её корень — живое народное прозвище, а сама форма — редкий пример того, как в документах «прирастали» суффиксы.