Фамилия Шукшова — женская форма фамилии Шукшов, и её разбор стоит начать не с корня, а с модели образования: это типичная «географическая» фамилия, где суффикс -ов указывает на принадлежность к месту или роду. В основе лежит топоним Шукша — так в России называют несколько рек и населённых пунктов. Самое известное — река Шукша в Мордовии и Нижегородской области, приток Пьяны. Житель берегов этой реки или выходец из села Шукша получал прозвище Шукша, а его потомки стали Шукшовыми.

Сам топоним Шукша, скорее всего, финно-угорского происхождения. В языках мордвы и марийцев корень «шукш» означает «червь» или «личинка», но в гидронимии это могло быть метафорой извилистого русла или обилия водных беспозвоночных. Встречается также версия, что Шукша — искажённое «шукша» от тюркского «шу» (вода) и «кыш» (зима), но она менее доказана.

Фамилия Шукшов — относительно редкая, её очаги сохранились в Поволжье: в Мордовии, Чувашии, Нижегородской области. В дореволюционных переписях носители чаще всего были государственными крестьянами, реже — однодворцами. Интересно, что фамилия не связана с известным писателем Василием Шукшиным — его фамилия образована от другого корня (шукша в значении «щербина, зазубрина» в сибирских говорах), и это разные ономастические линии.

В современном написании Шукшова может встречаться с двойной «ш» (Шукшшова) или с «ы» (Шукшов), что говорит о вариациях в документах XIX века. Единственная достоверная привязка — к реке Шукша, а значит, предки носительницы фамилии жили на её берегах или носили прозвище по месту жительства.