Фамилия Шукшов — редкий случай, когда географическая привязка оказывается чуть ли не главнее самого корня. В основе лежит название реки Шукша — притока Волги в Нижегородской области, а также деревень Шукшино и Шукшово, разбросанных по северу европейской России. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем из местности с этим названием — «шукшинец» или «шукшовец». Модель образования простая: топоним (Шукша или Шукшово) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов, означающий «из рода тех, кто из Шукши».

Сам корень «шукш-» не имеет однозначного славянского толкования. Лингвисты склоняются к тому, что он субстратный, финно-угорский. В языках коми и марийского есть слова, близкие по звучанию, означающие «глухой», «глухомань» или «лесное озеро». Это логично вписывается в картину северных и поволжских земель, где реки и села с таким именем встречаются в зоне древнего финно-угорского населения. Версия о происхождении от прозвища Шукша (от диалектного «шукша» — якобы «вертлявый человек») существует, но слабее — слово не зафиксировано в словарях русских говоров как самостоятельное прозвище.

По суффиксу фамилия принадлежит к самой массовой русской модели, но с одной особенностью: ударение в ней падает на окончание — Шукшо́в, а не на корень. Это выдает ее северное или сибирское происхождение, где в фамилиях от топонимов часто сохранялось ударение на последнем слоге. Носители фамилии в основном встречаются в Нижегородской, Кировской областях и в Пермском крае — то есть в зоне расселения, где протекают реки Шукша и есть одноименные деревни. Встречаемость фамилии невысокая, что делает ее хорошим маркером для генеалогического поиска: если предки носили Шукшов, велика вероятность, что их корни уходят в конкретный регион на северо-востоке европейской части России.