Фамилия Шукшын — редкая и территориально привязанная. Её основа восходит к гидрониму: Шукша — название реки в бассейне Камы (приток Волги), протекающей в Пермском крае и Удмуртии. Река Шукша упоминается в писцовых книгах XVI–XVII веков, и название, скорее всего, имеет финно-угорское происхождение, от коми-пермяцкого или удмуртского корня, связанного с водой или болотистой местностью.

Суффикс -ын указывает на модель образования, типичную для севернорусских и уральских фамилий. В отличие от более распространённого -ин, суффикс -ын встречается реже и часто фонетически связан с твёрдым произношением основы. Фамилии на -ын фиксировались в документах как притяжательные: «чей?» — Шукшын, то есть «сын человека по прозвищу Шукша» или «живущий на реке Шукше». Прозвище Шукша могли дать человеку, пришедшему с этой реки, или тому, кто жил у неё.

Версия о происхождении от личного имени маловероятна. Имени Шукша в православных святцах нет, а в дохристианских именах такой корень не встречается. Поэтому основная гипотеза — топонимическая: фамилия закрепилась за выходцами из бассейна реки Шукша. Географически носители фамилии Шукшын исторически сосредоточены на северо-востоке европейской части России — в Пермской и Кировской областях, а также в Удмуртии.

Сословно предки Шукшыных, скорее всего, были государственными или черносошными крестьянами, реже — однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не имеет отношения к писателю Василию Шукшину: его фамилия образована от другого корня (Шукша — прозвище от диалектного «шукша» в значении «ерш» или «задира»), и омонимия здесь случайная.

В написании фамилии возможны варианты: Шукшин (с буквой и) — более частый, но он относится к другому гнезду фамилий. Форма Шукшын строго указывает на севернорусскую или уральскую диалектную норму, где после шипящих и твёрдых согласных в суффиксе писали ы, а не и. В современных паспортах такая фамилия встречается редко, что делает её уникальным маркером происхождения из конкретного региона.