Фамилия Шунта — редкий случай, когда мы с большой вероятностью имеем дело с дославянским, балтским корнем. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин, -ский, эта фамилия застыла в краткой, неоформленной форме — как чистое прозвище или имя, без патронимического суффикса. Это сразу указывает на её возможное нерусское происхождение либо на очень раннюю фиксацию в документах, когда прозвища ещё не успели обрасти привычными окончаниями.

Наиболее убедительная версия связывает основу «шунт» с литовским šuntas — «сотня» или «сто». В литовском языке это слово могло входить в состав прозвищ военачальников, сотников или просто крепких, «стопудовых» людей. Фамилия Шунта могла принадлежать выходцу из Великого княжества Литовского — территорий современной Литвы, Беларуси или Смоленщины, где балтские корни смешивались со славянскими. В белорусском языке существует слово «шунт» в значении «чурбан, обрубок дерева», но это, скорее всего, более позднее заимствование из немецкого (через технический термин), маловероятное для прозвища XV–XVII веков.

Вторая версия, хотя и менее вероятна, отсылает к немецкому Schunte — диалектному варианту слова «тряпка» или «тряпичник». Так могли прозвать торговца старьём, если носитель фамилии жил в немецкой слободе или в Прибалтике. Однако у этой гипотезы мало сторонников среди ономастов, поскольку фамилия Шунта встречается в основном в русскоязычной среде, а не у поволжских немцев.

Географически фамилия Шунта редка. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, её носители сконцентрированы на северо-западе России (Псковская, Ленинградская области) и в Беларуси — что косвенно подтверждает балтскую версию. Встречается также вариант Шунто, который мог возникнуть из-за белорусского произношения или при записи фамилии в польских метриках.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия не получила типичного русского суффикса, потому что либо была записана в том виде, в каком её произносили, либо принадлежала человеку, которого так звали в быту — без отчества. В дворянской среде такие «голые» фамилии почти не встречались, поэтому Шунта — это фамилия крестьянская или мещанская, возможно, однодворческая.