Фамилия Шунтукова — женская форма, а её мужской вариант, Шунтуков, образован по модели, характерной для тюркских и кавказских фамилий. Основа здесь — личное имя или прозвище Шунтук. Суффикс -ов типичен для русской адаптации нерусских фамилий: так оформляли фамилии крещёных народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии.

Корень «шунт» в тюркских языках (например, в карачаево-балкарском, кумыкском или ногайском) может означать «проворный», «ловкий» или «быстрый». Вторая часть — «ук» — уменьшительный или ласкательный аффикс. То есть Шунтук — это, скорее всего, «шустрый», «юркий» человек, которому дали прозвище по характеру. Встречаются и другие версии: в некоторых диалектах «шунтук» — название птицы (возможно, чеглок или кобчик), а прозвища по птицам у тюркских народов давали охотникам или быстрым воинам.

Географически фамилия Шунтукова привязана к Северному Кавказу, особенно к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Встречается она и у адыгских народов, где могла подвергнуться адыгизации: корень мог переосмысляться через адыгское «шынтхъу» (пугливый) или «шъонт» (колчан). Но тюркское происхождение выглядит убедительнее — из-за прозрачной словообразовательной цепочки и типичных для тюркских языков аффиксов.

Сословно носители фамилии могли быть как узденями (свободными крестьянами или воинами) у горских народов, так и княжеского происхождения — в зависимости от рода. Точных данных по конкретным ветвям без генеалогического исследования нет, но ясно одно: фамилия Шунтукова не случайна, а отражает личное качество предка — его быстроту, ловкость или связь с охотой.