Фамилия Шупакова — женская форма фамилии Шупаков, и её происхождение ведёт к прозвищу или мирскому имени Шупак. В основе лежит слово «шупак», которое в южнорусских и украинских говорах могло означать «шустрый, вертлявый человек» или, по другой версии, «тот, кто шупает, ощупывает» (от глагола «щупать» с чередованием согласных). Встречается также диалектное «шупак» как название птицы — щегла или дятла, что указывает на возможное прозвище по повадкам или внешнему сходству.

Модель образования типична для русских фамилий: основа «Шупак» плюс патронимический суффикс «-ов», означающий принадлежность к роду («чей?» — Шупаков). Суффикс «-ак» в основе характерен для украинских и белорусских прозвищ, что позволяет предположить юго-западное происхождение фамилии. В польском языке существует слово «szupak» с похожим значением — «ловкач» или «проныра», что добавляет ещё один возможный корень.

Географически фамилия Шупаков (и Шупакова) чаще встречается в Курской, Воронежской областях России, а также на востоке Украины. Это согласуется с ареалом бытования прозвищ на «-ак». В дореволюционных переписях носители фамилии могли быть крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли сторожевую службу на южных границах государства.

Стоит отметить, что в некоторых говорах слово «шупак» фиксируется как название рыбы (судака) — в таком случае прозвище могли дать рыбаку или торговцу рыбой. Однако эта версия менее распространена в ономастических источниках, чем связь с характером человека.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шупаковский, Шупаченко, Шупа — показывает, что Шупакова относится к более архаичному типу, без дополнительных суффиксов, что может указывать на раннее закрепление прозвища в качестве родового имени.