Фамилия Шушич звучит как типичная южнославянская, и это первое, что бросается в глаза. Её выдает суффикс -ич, который в сербском, хорватском, боснийском и черногорском языках выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: образует фамилии от личных имён, прозвищ и профессий, указывая на принадлежность к роду. В русской среде такие фамилии встречаются редко и почти всегда указывают на сербское или хорватское происхождение предка.

Основа Шуш- в славянских языках чаще всего связана со звукоподражанием «шу-шу» — шёпотом или шипением. Отсюда прозвище Шуша: так могли назвать тихого, шепелявого человека, того, кто говорил невнятно или постоянно шептался. В русских говорах слово «шуша» означало также нечто трухлявое, рассыпчатое (шуша — гниль, труха), а в переносном смысле — мелкого, никчёмного человека. В южнославянских диалектах встречается схожая семантика: «шуша» — мышь или крыса, что тоже давало прозвище юркому или мелкому человеку.

Другая версия, менее вероятная, но возможная, выводит основу из тюркского «шу» (вода) или «шуш» (острый, колкий). Однако для славянской фамилии, особенно с типичным славянским суффиксальным оформлением, тюркский корень — экзотика, и объяснение через прозвище выглядит убедительнее.

Таким образом, носитель фамилии Шушич — потомок человека, которого в южнославянской среде прозвали Шуша за манеру говорить, внешность или характер. В России эта фамилия — почти всегда свидетельство балканских корней семьи, возможно, переселившейся в ходе исторических миграций XIX–XX веков.