Фамилия Шушова — женская форма фамилии Шушов. Она образована по стандартной русской модели от мужской основы с помощью суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «Шушова» — дочь или жена Шушова. Сама же мужская фамилия Шушов происходит от прозвища или мирского имени Шуш.

Корень «шуш-» в русских говорах имеет несколько значений, и фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо. Наиболее прозрачная версия связывает её с диалектным глаголом «шушать» — шептать, шушукаться. В этом случае прозвище Шуш давали человеку тихому, скрытному, любящему говорить шёпотом, либо, наоборот, сплетнику, который постоянно «шушукается» с другими.

Реже в основе лежит слово «шуша» — так в некоторых областях называли мелкую рыбу (например, уклейку) или что-то незначительное, худое. Прозвище Шуш могли дать человеку невысокого роста или невзрачной внешности. Есть и более редкая версия: от тюркского слова «шуш» (острый, бойкий) — такое прозвище могли принести переселенцы из южных регионов, где чувствовалось влияние татарского или башкирского языков.

Фамилия Шушов (и Шушова) встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях. Это указывает на её бытование в среде однодворцев и крестьян чернозёмной полосы. В писцовых книгах XVII века упоминаний этой фамилии почти нет — она оформилась позже, в XVIII–XIX веках, когда фамилии массово закреплялись за крестьянскими родами.

В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение, Шушова — типичная крестьянская фамилия, образованная от бытового прозвища. Её носителям не стоит искать знатного предка: скорее всего, основатель рода был простым человеком, получившим прозвище за манеру речи или за внешность.