Фамилия Шушуков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей сын?» — Шушуков). Основа здесь — Шушук.

Что могло лежать в основе прозвища Шушук? Самая прямая версия отсылает к глаголу «шушать» — в русских говорах так говорили о шептании, шушуканье, тихой речи. Шушуком могли прозвать неразговорчивого человека, шептуна, либо, наоборот, того, кто любил перешёптываться, распускать слухи. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «шушука» — шептун, тайный советчик.

Вторая версия, менее очевидная, но тоже возможная, — тюркское происхождение. В тюркских языках есть корень «шуш» со значением «тихий, спокойный», а также личные имена вроде Шушу. В таком случае фамилия могла возникнуть у человека с восточными корнями, но со временем полностью обрусела — суффиксы -ук и -ов типичны для славянской модели.

Интересно, что фамилия Шушуков встречается не повсеместно, а имеет заметную региональную привязку. По данным переписей и архивов, она чаще всего фиксируется на юге России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает обе версии: и диалектное слово «шушать» (южнорусские говоры), и возможное тюркское влияние (Поволжье, южные степи).

С точки зрения социальной истории, Шушуковы, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Это фамилия народная, прозвищная, без претензий на аристократическое происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Шушуков стоит в одном ряду с Шушариным, Шушаковым, Шушиным — все они образованы от звукоподражательных или диалектных основ, связанных с тихой речью. Но суффикс -ук в основе (Шушук) придаёт фамилии уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, что типично для русских прозвищ XVII–XVIII веков.