Фамилия Шушукова — женская форма мужской фамилии Шушуков, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое дали предку. В основе лежит слово «шушука» или «шушукать» — в русских говорах это означало «шептать», «говорить тихо, по секрету». Скорее всего, прозвище Шушука получил человек с тихим голосом, склонный к тайным разговорам, сплетням или просто тот, кто говорил негромко. В некоторых диалектах «шушука» могло относиться к недовольному, ворчливому человеку, который бормочет себе под нос.

Модель образования типична: основа Шушук- (от Шушука через усечение или вариант с суффиксом -ук) плюс фамильный суффикс -ов. Суффикс -ук в русских фамилиях встречается реже, чем -ов, но в южнорусских и украинских землях он был распространён, указывая на принадлежность к роду Шушуков. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища давали по поведению или привычкам.

Географически фамилия Шушукова нечастая, но встречается в записях по Центральной России и Поволжью. В дореволюционных метрических книгах можно найти Шушуковых, например, в Тамбовской или Пензенской губерниях — это регионы, где слово «шушукать» было в ходу. Редкая особенность: фамилия почти не имеет однокоренных аналогов в дворянских списках, что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение. В ономастических справочниках Шушуков не упоминается в числе фамилий от тюркских или иноязычных корней — основа чисто славянская, звукоподражательная.