Фамилия Шушукина — женская форма фамилии Шушукин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шушука. Его корень — звукоподражательный: «шу-шу» в русских говорах передаёт шёпот, шуршание, тихую речь. Отсюда и прозвище Шушука — так могли назвать тихоню, шептуна, а возможно, и человека, который постоянно что-то нашёптывал (в бытовом или даже колдовском смысле). В северных и сибирских говорах «шушукать» означало «шептаться, сплетничать», а «шушун» — старинная женская одежда вроде кофты или душегреи. Но связь с одеждой менее вероятна: суффикс -ук- (-юк-) в русских фамилиях чаще образует ласкательные или уменьшительные формы имён и прозвищ, а не названия вещей.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа Шушук- + фамильный суффикс -ин. Суффикс -ин в русской антропонимии присоединяется к основам на -а/-я и указывает на принадлежность: «чей?» — Шушукин, то есть сын или потомок Шушуки. Аналогично: Иванов сын → Иванов, но Шушукин сын → Шушукин. Форма Шушукина — притяжательное прилагательное в женском роде, закрепившееся как фамилия для женщин.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — Поволжье и Урал: в переписях XIX — начала XX века Шушукины встречаются в Вятской, Пермской и Казанской губерниях. Встречается и вариант Шушуков (с суффиксом -ов), но он ещё реже. Интересно, что в некоторых записях фамилию писали через «е» — Шешукин, что может указывать на диалектное произношение (ёканье) или на смешение с фамилией Шишукин, образованной от «шиш» (острый предмет, черт, бродяга). Но для Шушукина связь с «шушуканьем» остаётся основной.

Сословного барьера фамилия не знала: Шушукины записаны и среди государственных крестьян, и в мещанских сословиях. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится — скорее всего, предки были простыми крестьянами или ремесленниками. Встречается и в старообрядческой среде: например, в списках беспоповцев Вятки начала XX века есть Шушукины. Так что носительница фамилии может с равной вероятностью вести род от вятского крестьянина-шептуна или от уральского мастера, которого за тихий нрав прозвали Шушукой.