Фамилия Сифон — редкий случай в русском ономастиконе. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, она не имеет типичного суффикса, что сразу говорит о её происхождении: это не патроним (не «чей-то сын»), а «застывшее» прозвище или, что вероятнее, топоним, перешедший в фамилию без изменений.

Основа фамилии — слово «сифон». В русском языке оно имеет два основных значения. Первое — техническое: изогнутая трубка для переливания жидкостей или деталь гидрозатвора в сантехнике. Второе — зоологическое: род морских моллюсков с сифонообразным выростом. Вряд ли предка прозвали за моллюска, а вот прозвище по ремеслу или бытовой детали — вполне. Сифонщиками в XIX веке могли называть мастеров по изготовлению и ремонту водопроводных труб, сифонов для газированной воды или даже самогонщиков (в просторечии «сифон» — приспособление для перегонки). Однако фамилия Сифон могла возникнуть и в среде, далёкой от ремёсел: так могли окрестить человека с длинным носом или необычным голосом — метафора по сходству с трубкой.

Географический след фамилии ведёт на юг России и Украину. В документах XVIII–XIX веков фамилия Сифон встречается в казачьих реестрах Запорожского войска и в списках переселенцев из Малороссии на Кубань. Там слово «сифон» бытовало и как диалектное название ключа, родника (от греческого siphōn — «трубка, желоб»). В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, жившим у такого источника, — типичный пример топонимического прозвища.

Корень фамилии — греческий (σίφων), проникший в русский язык через европейские технические термины в Петровскую эпоху. Это указывает на относительно позднее формирование фамилии — не раньше конца XVII–XVIII века. В дворянских родословных книгах Сифоны не значатся, что подтверждает её простонародное, скорее всего, мещанское или казачье происхождение.

Ударение в фамилии спорное: в русском языке слово «сифо́н» с ударением на последний слог, но в южных говорах часто сдвигают на первый — «си́фон». Соответственно, и фамилию произносят по-разному, и это не ошибка, а диалектная особенность.

Однокоренных фамилий в России практически нет. Встречаются единичные Сифоновы — это уже патроним от того же прозвища, но с суффиксом -ов. Сифон же остался в «чистом», бессуффиксном виде, что делает его похожим на псевдоним или позднюю канцелярскую запись прозвища. Подлинных сведений о массовом распространении фамилии нет: в современных базах она фиксируется единицами по всей стране, без явного регионального ядра.