Фамилия Сифонов — редкий случай, когда за основу взято не имя и не профессия, а конкретный предмет. В её основе лежит слово «сифон». В быту XIX века так называли не только устройство для газировки, но и водоотводную трубу, насос или желоб. Прозвище Сифон могли дать водопроводчику, слесарю или человеку, который торговал сифонами для воды. В южных говорах «сифоном» иногда называли нытика или плаксу — того, кто «сопит» или «хлюпает носом», но эта версия менее вероятна, потому что прозвище должно было быть устойчивым и неоскорбительным.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Сифона». То есть первый носитель фамилии был либо сыном человека с прозвищем Сифон, либо сам носил это прозвище, которое затем закрепилось за его потомками.

Интересно, что фамилия Сифонов практически не встречается в центральных и северных губерниях России. Основной ареал её бытования — юг России и Поволжье, где были развиты ремесла, связанные с водоснабжением и торговлей. Встречаются единичные случаи в среде старообрядцев, но это скорее совпадение, чем закономерность.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный и нечастый характер. Однокоренных фамилий мало: Сифонов, Сифончиков (уменьшительно-ласкательная форма) и, возможно, искажённое Сифанов, которое путают с Сифоновым из-за схожести звучания, хотя «Сифан» — это уже вариант имени Иосиф.

Таким образом, предки современных Сифоновых с высокой долей вероятности были мастерами, работавшими с водой или торговавшими водяными насосами и сифонами. Фамилия не аристократическая, не крестьянская в классическом смысле — скорее, ремесленная, городская или посадская.