Фамилия Стифонова — женская форма фамилии Стифонов. Её основа, «Стифон», звучит необычно для русского уха и сразу вызывает вопросы о происхождении. Скорее всего, перед нами не славянский корень, а переосмысленное имя или прозвище, пришедшее из греческого языка через церковную традицию.

Самая вероятная версия связывает фамилию с греческим мужским именем Стефан (Στέφανος — «венок, венец»). В русской народной среде это имя видоизменялось: Степан, Стефа, Степка. В некоторых говорах, особенно на юге России и в казачьей среде, имя могли произносить как «Стифан» или «Стифон» — с заменой «е» на «и» под влиянием аканья или местного произношения. От этой формы и образовалась фамилия Стифонов через суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «сын Стифона».

Есть и более экзотическая версия, хотя она менее вероятна. В некоторых диалектах «стифон» могло быть прозвищем человека с необычной походкой или осанкой, но прямых лексических подтверждений этому нет. Словари русских говоров не фиксируют слово «стифон» как самостоятельное нарицательное.

Суффикс -ов в фамилии — один из самых распространённых в русской ономастике. Он типичен для центральных и северных регионов России, а также для Поволжья. Встречаемость фамилии Стифонов в современных базах данных невысока, что говорит о её редкости и, возможно, локальном бытовании в какой-то одной области — например, в Ростовской или Воронежской, где сильны южнорусские говоры.

Таким образом, носители фамилии Стифонова, скорее всего, потомки человека по имени Стифон, которое было народной формой крестильного имени Стефан. Их предок мог быть крестьянином, казаком или мещанином из южнорусских губерний.