Фамилия Стифонов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного корня, который сразу подсказал бы ремесло или прозвище. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно посмотреть на её окончание и суффикс.

Самый вероятный путь — от крестильного имени. Основа «Стифон» — это, скорее всего, народная или диалектная форма канонического имени Стефан (от греческого «стефанос» — венец). В русской традиции имя Стефан дало множество производных: Степан, Стёпа, Стеша, а в некоторых говорах — и Стифон, с заменой «е» на «и» под влиянием аканья или местного произношения. Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Стифонов буквально значит «сын Стифона» или «из рода Стифона». Так что предок носителя фамилии мог носить имя Стифон как обиходный вариант Степана.

Второй, менее вероятный вариант — связь с греческим словом «стифос» (крепость, сила). В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище для крепкого, сильного человека, но такая гипотеза слабее: греческие корни в русских фамилиях обычно проходили через церковные имена, а не через нарицательные слова.

Географически фамилия Стифонов не привязана к какому-то одному региону — она встречается рассеянно, что типично для фамилий, образованных от редких форм имени. Сословной принадлежности по ней не определить: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство. Единственное, что можно сказать точно: в отличие от массовых Степановых или Стефановых, Стифоновы — носители более редкой, локальной ветви этого имени, сохранившейся в произношении.