Фамилия Стифанов — редкий случай, когда написание отстоит от произношения на целую букву. В звучащем русском языке она неотличима от гораздо более распространенной Степанов: оба варианта дают «Стипанов». Но на письме разница принципиальна, и она выводит на другую, греческую, основу.

В основе фамилии лежит каноническое имя Стифан (церковная форма греческого Стефанос — «венок», «венец»). В русской традиции прижился вариант Степан, а форма Стифан осталась в святцах и встречалась в основном в среде духовенства или в семьях, где за именем следили строго по церковным книгам. Поэтому Стифанов — почти наверняка «семинарская» или «поповская» фамилия. Её давали в духовных училищах и академиях, чтобы подчеркнуть книжное, не простонародное происхождение имени, в отличие от крестьянского Степанов.

Модель образования проста: суффикс -ов присоединился к полной форме имени Стифан. Это типично для фамилий, указывающих на отца: Стифанов сын, то есть сын Стифана. В крестьянской среде такое имя было редкостью — там скорее записали бы Степаном. А вот в семьях священников, где детей нарекали строго по месяцеслову, форма Стифан встречалась чаще.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было сильно влияние церковной школы: центральные губернии России, Поволжье, а также территории бывшей Речи Посполитой, где православное духовенство держалось за греческие формы имен. Встречается она и сейчас, но значительно реже, чем Степанов, — это верный признак того, что перед нами не массовая крестьянская фамилия, а относительно узкая группа, вышедшая из духовного сословия.

Спорных версий здесь немного. Иногда Стифанова путают с украинским Стефаном или польским Szczepan, но это разные корни. Вариант происхождения от прозвища «Стифан» (гипотетически — от диалектного глагола со значением «стучать», «колотить») выглядит натяжкой: имя в церковной форме перевешивает любую бытовую этимологию.