Фамилия Стифаненко звучит как типичная украинская фамилия, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Формант -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он указывает на происхождение по отцу или на принадлежность к роду: буквально «сын такого-то» или «потомок». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые чаще закреплялись за крестьянами и мещанами, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках активно формировались в среде казачества и мещанства Левобережной и Слободской Украины. Поэтому носитель Стифаненко с высокой вероятностью происходит из семей, живших на территории современной Украины или юга России.

Основа фамилии — Стифан. Это просторечная, народная форма канонического имени Стефан (от греч. stephanos — «венок», «венец»). В украинской и южнорусской традиции имя Стефан нередко произносили как Стифан, с заменой «е» на «и» под влиянием местных говоров. Такой же процесс мы видим в фамилиях Тимошенко (от Тимофей) или Микитенко (от Никита). Таким образом, Стифаненко — это «потомок Стифана», то есть «сын Степана». Само имя Стефан было популярно среди православных, особенно в среде духовенства и казачества, но встречалось и у крестьян.

Интересная особенность — фамилия не имеет варианта с «ф» на конце, как, например, Стефаненко. Форма «Стифан» с «и» в первом слоге закрепилась именно в тех регионах, где говорили на суржике или украинских диалектах с сильным аканьем и иканьем. Если бы фамилия возникла в центральной России, она, скорее всего, звучала бы как Степанов или Степаненко. Стифаненко — маркер южного, украинского корня.

Социальный контекст тоже даёт подсказку. Фамилии на -енко в XVIII–XIX веках часто получали потомки казаков и вольных поселенцев, которые не были закрепощены в той же степени, что и крестьяне центральных губерний. Вероятно, предок носителя фамилии был либо рядовым казаком, либо мещанином, либо свободным хлеборобом — человеком, которого в документах записывали «Стифанов сын», а затем это прозвище закрепилось за всем родом.

Итог простой: Стифаненко — украинская фамилия, образованная от народной формы имени Стефан через патронимический суффикс -енко. Она указывает на происхождение из южнорусских или украинских земель и, скорее всего, на принадлежность предков к казачьему или мещанскому сословию.