Фамилия Сифонова — женская форма, мужская — Сифонов. Вопреки ожиданию, её корень не связан с современным бытовым «сифон» (газированная вода, шланг для перелива). В русской ономастике эта фамилия восходит к прозвищу или мирскому имени, которое давали по внешности или поведению.

Основа — слово «сифон», которое в диалектах означало «сиплый, хриплый голос», «сипун» (человек с сипотой). В некоторых говорах «сифон» — тот, кто говорит сипло или тяжело дышит. Отсюда прозвище Сифон: так могли назвать человека с хриплым голосом, курильщика, астматика или просто того, кто часто простужался. Модель образования типична для русских фамилий на -ов/-ев: отчество второго уровня (сын Сифона → Сифонов).

Есть и вторая, менее вероятная версия: в южнорусских говорах «сифон» — растение синеголовник (Eryngium), но прозвища по растениям обычно давали реже, чем по физическим признакам. Если предок был знахарем или жил в местности, где это растение использовали, — возможно, но прямая связь с голосом убедительнее.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье. По данным переписей и архивов, Сифоновы не принадлежали к дворянству — это типичная крестьянская или мещанская фамилия. Сословных привилегий не давала, зато сохранила живую черту предка: сипоту, которую окружающие запомнили и закрепили в родовом имени.