Фамилия Силифонова — женская форма, мужская — Силифонов. Она принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от канонического имени через просторечную форму. Основа здесь — имя Силифон, народный вариант крестильного имени Селиван (от латинского Silvanus — «лесной», в римской мифологии бог лесов). В русской традиции имя нередко искажалось: Селиван превращался в Силиван, а затем и в Силифон — под влиянием других имён на -фон (Агафон, Амфилохий). Суффикс -ов указывает на принадлежность: Силифонов буквально значит «сын Силифона».

Интересно, что фамилия относительно редкая и не попала в число массовых. В дореволюционных переписях Силифоновы встречались в основном в центральных губерниях России — Владимирской, Костромской, Нижегородской. Это зона, где охотно образовывали фамилии от разговорных вариантов имён, не оглядываясь на церковную норму. Социальный состав носителей — преимущественно крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не известно: она осталась в низовых слоях.

Словообразовательная модель проста: основа Силифон + патронимический суффикс -ов (-а). Ударение, скорее всего, на второй слог — Силифо́нова, хотя в некоторых говорах могли ставить на третий: Силифо́нова. Встречается и вариант написания Селифонов — с «е» в первом слоге, что ближе к исходному имени. Если ваши предки писались через «и», это указывает на устойчивую региональную или семейную традицию произношения.

Происхождение фамилии прозрачно: предок носителя был крещёным человеком по имени Силифон. Никакой загадки или редкого корня здесь нет — это классическая «имя-отчество-фамилия», типичная для русского севера и центра.