Фамилия Силифонов — редкий пример, где церковное имя прошло через двойную народную переработку. В её основе лежит каноническое имя Силуан (от лат. Silvanus — «лесной», в честь римского божества лесов). В русском просторечии это имя быстро превратилось в Силифон (с заменой «у» на «и» и упрощением окончания), а затем уже от этой разговорной формы образовали фамилию с типичным русским суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «сын Силифона».

Интересно, что в церковных святцах есть и другая фигура — священномученик Сильван, но в народной памяти оба имени слились в одну узнаваемую форму «Силифон». Таким образом, Силифоновы — потомки человека, который в крещении получил имя в честь святого Силуана (например, апостола от семидесяти или египетского подвижника).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — Вологодской, Архангельской, Костромской областям, где архаичные формы имён сохранялись дольше. Встречается она редко, что говорит об узком локальном распространении исходного прозвища. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Петров, Силифонов не «вышел» из столичных центров, а остался в среде крестьян и сельского духовенства.

С точки зрения словообразования фамилия необычна тем, что содержит редкий корень -силифон-, который ошибочно могут принять за производное от греч. «сила» (ср. Силин). Но это не так: ударение в исходном имени падает на второй слог (Сили́фон), и фамилия сохраняет этот ритм. Если встретите вариант Силифонов с ударением на первый слог — это, скорее всего, результат канцелярской ошибки XIX века, когда писарь записал фамилию на слух.

В социальном контексте Силифоновы — это потомки тех, кто не поддался моде на греческие и латинские имена в их книжной, «правильной» форме, а сохранил живую народную традицию. Фамилия не имеет отношения к цыганскому или тюркскому влиянию, что подтверждается её чёткой славянской патронимической моделью.