Фамилия Селифонов образована от имени Селифан. Оно, в свою очередь, является одной из просторечных народных форм крестильного мужского имени Селиван (от латинского silvanus — «бог лесов»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Селиван, со временем получил фамилию Селифонов.