Фамилия Селифонтьев — один из тех случаев, когда за простой на первый взгляд формой скрывается редкая основа. Это отчество от канонического имени Селифонт. В святцах такого имени нет, но в народном бытовании оно возникло как производное от греческого имени Трифон, которое на русской почве иногда перестраивалось в «Селифон» или «Селифонтий». Механизм здесь простой: начальное «тр» могло осмысляться как «стр» или заменяться на «ср», а дальше произошла перестановка слогов и сближение с более привычными именами на «-фонт», вроде греческого «Ксенофонт». Так имя Трифон в некоторых говорах превратилось в Селифонтия, а уменьшительная форма Селифонт и дала фамилию.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Селифонтьев буквально означает «сын Селифонтия». Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество закреплялось за потомками и переходило в наследственное прозвание. Интересно, что фамилия встречается в документах с конца XVII века, в основном на севере и северо-востоке России — в Вятской, Вологодской, Костромской губерниях. Это косвенно подтверждает версию о народной переделке имени: именно в северных говорах любили переиначивать церковные имена на свой лад.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Селифонт не было широко распространено. В отличие от массовых Ивановых или Петровых, Селифонтьевых мало. В переписных книгах XVIII века носители этой фамилии записаны в основном как крестьяне и посадские люди. Дворянского рода с такой фамилией не зафиксировано — это не аристократическая, а сугубо народная фамилия, возникшая в среде простых людей, где имя Трифон через ряд звуковых изменений дало необычное отчество.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Селифонтов, которая образуется по той же модели, но с суффиксом -ов. Разница чисто фонетическая: в одних говорах конечное -ий в имени отпадало, и отчество звучало как «Селифонтов», в других — сохранялось как «Селифонтьев». Оба варианта восходят к одному и тому же первоисточнику.