Фамилия Силифонтьева — одна из тех, чей корень уходит в церковное имя, но в быту оно претерпело сильные изменения. В основе лежит каноническое имя Силуан (от лат. Silvanus — «лесной», в честь римского божества лесов). В русской народной традиции его переделывали в Селиван, а затем — с перестановкой звуков и под влиянием других имён — в Силифонт. Такое искажение — не редкость: крестьянское ухо переиначивало малознакомое греческое или латинское слово до удобопроизносимого варианта.

Суффикс -ев в мужской форме Силифонтьев указывает на притяжательную модель: «чей?» — Силифонтьев, то есть сын или потомок человека по имени Силифонт. Женская форма Силифонтьева — это либо жена Силифонтьева, либо дочь. Фамилия закрепилась в основном в северных и центральных губерниях России, где любили такие «опрощённые» варианты имён. В документах XVII–XVIII веков встречаются Силифонтовы и Селифонтовы, что подтверждает постепенное вытеснение «е» на «и» под акающим произношением.

Интересно, что у фамилии есть почти полный омоним — Селифонтов (Селифонтьев). Словарь Б. Унбегауна отмечает, что оба варианта восходят к одному источнику, но разошлись в написании из-за местных говоров. В Вологодской и Архангельской областях чаще писали через «е», в центральных — через «и». Поэтому Силифонтьева может указывать на предков из регионов, где аканье было сильнее, или на позднюю фиксацию фамилии в документах, когда написание уже устоялось.

Социальный состав носителей — почти исключительно крестьяне и мещане. В дворянских родословных книгах эта фамилия не встречается, что логично: имя Силуан в его народной обработке не считалось престижным. Таким образом, Силифонтьева — это память о предке, которого в миру звали просто Силифонт, и фамилия эта несёт отпечаток живой, не книжной русской речи.