Фамилия Силифонтий — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не народная форма крестильного имени, а напрямую каноническое имя, причём в полной, книжной форме. Речь идёт об имени Силуан (лат. Silvanus — «лесной, живущий в лесу»). В русской святцевой традиции имя Силуан давало несколько производных форм, одна из которых — Силифонтий. Она возникла в результате народного переосмысления: непривычное окончание -ан заменили на более типичное для русских имён -ий, а для благозвучия добавили -фонт-, отчего имя стало звучать как греческое или латинское.

Словообразовательная модель фамилии проста, но нестандартна. Фамилия не имеет патронимического суффикса (-ов, -ин, -ский), а застыла в форме родительного или именительного падежа самого имени. По сути, это не «чей-то сын Силифонтий», а сам Силифонтий — прозвание человека по его имени. Такое явление встречается редко и характерно для южнорусских и украинских земель, где фамилии нередко фиксировали личное имя без изменений: Силифонтий, а не Силифонтьев или Силифонтьин.

Кем мог быть предок? Носитель фамилии Силифонтий — скорее всего, потомок человека, которого в документах или в быту называли полным церковным именем Силуан, но в местной говоре оно трансформировалось в Силифонтий. Вероятно, предок был грамотным или принадлежал к среде, где ценилось книжное имя — например, священнослужитель, дьячок или приказчик. В крестьянской среде такое редкое имя могло даваться по святцам, но в полной форме, без сокращений, что говорит о некоторой начитанности или особом почитании святого.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине. В словарях русских фамилий она не упоминается, что подтверждает её штучный, почти единичный характер. Если искать параллели, то можно вспомнить фамилию Силантьев (от Силантий — народной формы того же Силуана), но Силифонтий стоит особняком: она не перешла в привычную модель на -ов, а сохранила исходный облик.

Таким образом, фамилия Силифонтий — не столько указание на родство, сколько живой отпечаток редкого имени, закрепившийся за одним человеком или одной семьёй. Это не ошибка писаря, а сознательное или стихийное следование местной речевой традиции, где имя превратилось в фамилию без посредников.