Фамилия Силифонтова — женская форма, а её мужской вариант — Силифонтов. В основе, скорее всего, лежит просторечная или диалектная форма имени Силуан (лат. Silvanus — «лесной», от silva — «лес»). В русской традиции это имя давали в честь святых, и в народном произношении оно нередко искажалось: Силуян, Селиван, а далее — через перестановку и упрощение — Силуфон, Селифон, Силифон. Так и появилось прозвище Силифонт, от которого образовали фамилию с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов.

Обратите внимание на суффикс -ов: он указывает на принадлежность («чей?» — Силифонтов, то есть сын Силифонта). Это самая распространённая модель для центральных и северных регионов России. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская: в документах XVII–XIX веков такие формы чаще встречались среди посадских людей и государственных крестьян, особенно в Вятской, Пермской и Архангельской губерниях. Там имя Силуан было популярно из-за местных святых, а его народные варианты закреплялись в прозвищах.

Есть и другая, менее вероятная версия: от греческого имени Сильф (мифическое существо) или от слова «силифон» — так в некоторых говорах называли растение синеголовник. Но ономастическая традиция склоняется к первому объяснению: подавляющее большинство русских фамилий на -ов/-ев восходит именно к личным именам, а не к редким ботаническим терминам.

Любопытная деталь: в старых переписях фамилию могли записать как Селифонтов или Силифонтов через «е» — это отражение акающего произношения (в южных говорах) или просто грамотность писаря. Но форма с «и» в первом слоге — более поздняя, закрепившаяся в паспортных документах XX века. Носители фамилии Силифонтова сегодня встречаются в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает связь с северными миграционными потоками.