Фамилия Силифонтов — один из тех случаев, когда привычный слуху суффикс -ов скрывает необычную основу. В русских фамилиях на -ов обычно лежит имя или прозвище отца: Иванов, Петров. Здесь же основа нестандартная. Силифонтов явно восходит к крестильному имени Силифонт, а точнее — к его народной, обиходной форме.

Каноническое церковное имя — Силуан (от латинского Silvanus — «лесной», бог лесов в римской мифологии). В русской традиции оно претерпело сильные изменения. Через форму Силуян или Селиван имя в народном произношении превратилось в Силифонт — с заменой «л» на «н» и появлением вставного «ф». Такой переход не редкость: вспомните, как греческое имя Филипп в деревнях становилось Филиппоном или даже Филифоном. Имя Силифонт зафиксировано в документах XVII–XVIII веков, особенно в северных и центральных губерниях.

Таким образом, Силифонтов — это «сын Силифонта». Фамилия образована по стандартной модели: к основе имени добавили притяжательный суффикс -ов. Встречаются и близкие варианты: Силифонтьев, Селифонтов, Силивантов. Они различаются лишь деталями произношения одного и того же имени. Географически Силифонтовы чаще всего встречаются в бывших владимирских, костромских и ярославских землях — именно там народная речь особенно любила переделывать книжные имена в привычные формы.

Социально фамилия крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не отмечено. Предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени отца в эпоху массового закрепления фамилий в XVIII–XIX веках. Никакой тайной семантики в корне нет: «лесной» смысл исходного латинского имени давно стёрся, и для русского уха Силифонтов звучит как фамилия, образованная от своего, пусть и необычного, имени.