Основой фамилии Селифонтова послужило имя Селифонт. Имя Селифонт является одной из форм имени Сильван, которое восходит к латинскому Silvanus – «бог лесов». В просторечии имя Сильван бытовало в весьма распространённых формах Селиван, Селифан и Силуян. Возможно, под влиянием имени Ксенофонт (от древнегреческого «говорящий на чужом языке») возникла форма Селифонт, которая и дала начало фамилии Селифонтов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Селифонт, со временем получил фамилию Селифонтова.