Фамилия Силифонкина — редкий случай, когда основа скрывает не имя, а прозвище, искажённое диалектами. В её центре лежит мужское имя Силифонт — народная форма крестильного имени Сильфант (от лат. Silvānus — «лесной бог»). В русских говорах звук «ф» часто заменяли на «хв» или «х»: так Сильфант превращался в Силихванта, а затем, с упрощением, в Силифонта.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Силифонкин — «сын Силифонты» или «муж Силифонты». Фамилии на -ин обычно образовывались от основ на -а, -я, но здесь основа мужского имени (Силифонт) дала форму Силифонка — так в быту могли называть самого носителя имени. То есть Силифонкина — жена или дочь человека, которого в деревне звали Силифонкой.

География фамилии узкая: она встречается почти исключительно в Поволжье — в Самарской, Ульяновской областях, а также у мордвы-эрзи, перенявшей русскую модель фамилий. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде крестьян-старообрядцев или обрусевших финно-угров, где имя Силифонт было популярно в XVII–XVIII веках как редкий святой (день памяти — 4 мая по старому стилю).

Отдельного внимания заслуживает написание. В дореволюционных метриках встречается вариант «Силифанкина» — с буквой «а» в корне. Это не ошибка: в средневолжских говорах звук «о» в безударном положении часто переходил в «а» (аканье), и фамилию записывали на слух. Современное написание с «о» — результат школьной унификации, когда фамилию привели к книжной норме.

Других версий происхождения, кроме как от имени Силифонт, у фамилии нет. Притягивать тюркские или финские корни бессмысленно: словообразовательная цепочка прозрачна, а редкое имя даёт точную привязку к восточнославянской ономастике.