Фамилия Селифонкина — женская форма, мужская — Селифонкин. Её основа — редкое каноническое имя Селифонт, которое в русских святцах встречается в форме Селифан. Это народный вариант греческого имени Сильван, означающего «лесной» (от лат. silva — лес). В древнерусском обиходе имя Селифан было нередким, особенно в крестьянской среде: его давали в честь святого Сильвана, память которого приходится на несколько дней в году.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Селифон- добавлен суффикс -к-, образующий уменьшительно-ласкательную форму (Селифонка — «маленький Селифонт»), и далее фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Селифонкин буквально значит «сын Селифонки» или «из семьи Селифонки». Такой тип фамилий — на -ин, с основой на -а/-я — характерен для северных и центральных губерний России, где было принято называть людей по отцу в краткой форме.

Особенность фамилии Селифонкина — редкость исходного имени. В отличие от массовых Иванов и Петров, Селифонт (Селифан) встречается в документах XVII–XVIII веков в основном среди крестьян и посадских людей. В XIX веке имя почти вышло из употребления, но фамилии, от него образованные, остались. Селифонкины могли быть жителями Вологодской, Костромской или Вятской губерний — именно там чаще фиксировались подобные редкие именные формы.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Селифонкин стоит в одном ряду с Селифановым и Селифонтовым, но отличается суффиксом -к-, который придаёт более простонародный, «домашний» оттенок. Это не фамилия дворянского сословия — скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, и прозвище Селифонка закрепилось за главой семьи в бытовом общении.