Фамилия Силифонкин — редкий случай, когда за основу взято не просторечное, а диалектное имя. В основе лежит имя Силифонт — народная, «простая» форма крестильного имени Силуан (от лат. Silvanus — «лесной», в римской мифологии — бог лесов). В русских говорах, особенно на Севере и в Поволжье, имя Силуан превращалось в Силифон, Селифон, а отсюда уже пошли фамилии Силифонов, Селифонтов, Силифонкин.

Суффикс -кин указывает на модель образования от имени на -а или -я, причём в краткой, уменьшительной форме: Силифонка — так могли звать мальчика или взрослого в быту. То есть Силифонкин буквально означает «сын (или потомок) Силифонки». Эта модель типична для центральных и северных губерний России, где -ин/-ын встречается чаще, чем -ов.

Интересно, что церковная форма Силуан в народе дала несколько параллельных ветвей: от неё же произошли фамилии Силуянов, Силуков, а также Силантьев (через Силантий). Силифонкин стоит особняком — она явно привязана к местному произношению, где «ф» заменило «в»: Силивон → Силифон. Это характерно для северных и сибирских говоров, где «ф» в заимствованных именах нередко вытесняло «в».

В документах XVII–XVIII веков крестьяне с именем Силифонт встречаются в переписных книгах Вологодского и Архангельского уездов. Значит, носители фамилии Силифонкин, скорее всего, происходят из тех же мест. Сословно — почти наверняка крестьяне или посадские люди: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Сегодня фамилия очень редкая. По данным современных телефонных справочников, основные очаги — Кировская и Архангельская области, а также единичные случаи в Москве и Санкт-Петербурге. Так что Силифонкин — это живая метка северного говора и крестьянского корня, сохранившаяся в почти неизменном виде.