Фамилия Сигуней — редкая и с неочевидной этимологией. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое в свою очередь восходит к глаголу «сигать» (прыгать, скакать) или к существительному «сиг» (рыба). Второй вариант — связь с диалектным словом «сигун», которое в некоторых говорах означало непоседливого, прыгучего человека или, наоборот, того, кто «сигает» (быстро передвигается). Суффикс -ей в русских фамилиях встречается редко и часто указывает на украинское или белорусское влияние: в этих языках -ей может быть вариантом окончания, подобного русскому -ев (ср. украинские фамилии на -ей: Ковалей, Дергачей). Поэтому Сигуней могло означать «сын Сигуна» или «человек из рода Сигуна».

География фамилии подсказывает её вероятное происхождение. Сигуней встречается преимущественно на юге России и в восточной Украине, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае. Это не случайно: в этих местах были распространены фамилии на -ей, принесённые переселенцами с Украины. Также нельзя исключать, что основа «сигун» могла быть прозвищем рыбака, промышлявшего сигами, — хотя сиг рыба северная, в южных реках её не ловят, что делает эту версию менее правдоподобной.

Вторая гипотеза, более экзотическая, связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «сигын» (олень, лось) или близкие звучания, которые могли трансформироваться при адаптации в русскую среду. Однако для такого вывода нет устойчивых лингвистических параллелей, и большинство носителей фамилии — славяне, так что версия с прозвищем от «сигать» остаётся основной.

Социальный контекст: фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья. В казачьей среде прозвища часто давали за характер или манеру поведения, поэтому «Сигуней» могло быть насмешливым или уважительным именем для резкого, подвижного человека. Интересно, что фамилия не получила распространения в центральной России — это подчёркивает её локальный, южный характер.