Фамилия Сикунова — женская форма фамилии Сикунов. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Сикуна). Основа фамилии — прозвище или нецерковное мужское имя Сикун.

Вероятнее всего, прозвище Сикун связано с глаголом «сикать» — в старых русских говорах это означало «мочиться», «испускать мочу». Прозвище могли дать ребенку, который часто мочился в постель, или же взрослому человеку с характерной привычкой. Такие «физиологические» прозвища в Древней Руси не считались оскорбительными — их давали для отличия людей в быту, и они легко становились фамилиями.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «сикун» в значении «секун» (от «сечь») — тот, кто сечет, рубит. Однако в этом случае фамилия звучала бы как Секунов, а написание через «и» указывает именно на первую версию. В некоторых говорах «сикун» могло означать «острый предмет» или «нож», но это уже вторичные значения.

Фамилия Сикунов встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где сохранились архаичные говоры. Встречаются также варианты Сикуненков, Сикун — более короткая форма, оставшаяся без суффикса.

Суффикс -ов делает фамилию типичной для крестьянского и мещанского сословий: в документах XVII–XIX веков такие фамилии фиксировали за простыми людьми, у которых не было родовых прозвищ. Сикуновы — это потомки человека по прозвищу Сикун, жившего, скорее всего, в северной деревне.