Фамилия Силькунова — женская форма, а мужская, Силькунов, образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Силькун. Чтобы понять его происхождение, нужно присмотреться к корню. Он явно связан со словом «силок» — петля для ловли птиц и мелких зверей. В русских говорах «силькун» могли называть человека, который промышлял ловлей силками: охотника-птицелова или, реже, того, кто плел такие снасти. Это ремесленное прозвище, а не имя в крестильном смысле.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах глагол «силькать» означал «свистеть, издавать резкий звук», а «силькун» — свистун, тот, кто любит посвистеть или работает со свистом (например, пастух, сгоняющий скотину). Эта гипотеза слабее, потому что не имеет прямой опоры на слово «силок», которое лежит на поверхности, но полностью отбрасывать её не стоит: прозвища по звуку или манере поведения в русской ономастике встречаются.

Географически фамилия Силькуновых не привязана к одной губернии, но встречается в центральных областях России и на Урале. Судя по модели образования (суффикс -ов, а не -ин или -ский), это фамилия крестьянская или мещанская, недворянская. Предок Силькуновых, скорее всего, жил в деревне, занимался промыслом — ставил силки на перепелов, тетеревов или зайцев, и его ловкость или сам инструмент стали родовым именем. Встречается также вариант написания через «е» — Селькунов, но это уже другой корень, возможно, от имени Селька (уменьшительное от Селиван или Селевкий).