Фамилия Силькова образована от прозвища или имени Силько. Основа здесь — краткая форма одного из крестильных имён: Сильвестр (в народном произношении Сильверст, Сильвестр) или Силантий (церковное Силуан). В русской традиции уменьшительные формы на -ко (Силько, Силька) были типичны для бытового общения, особенно на юге и западе России. Суффикс -ов- в окончании указывает на принадлежность: Сильков — «сын Силька», а Силькова — женская форма той же фамилии.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «силька» — так в некоторых говорах называли силок, петлю для ловли птиц или зверей. В этом случае прозвище Силько мог получить охотник или тот, кто ставил силки. Но имя собственное как источник всё же надёжнее: прозвища от орудий лова встречаются реже, чем бытовые сокращения церковных имён.

Встречаемость фамилии Силькова невысока, она тяготеет к центральным и северным областям России. Поскольку фамилия образована через патронимический суффикс -ов, а не -ин, можно предположить, что закрепилась она в среде, где преобладала модель «чей?» с окончанием -ов: крестьянство, мещанство, служилые люди. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не отмечено — скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими.

Однокоренные фамилии — Сильвестров, Сильверстов, Силуянов — встречаются чаще, но Силькова стоит особняком: она короче, образована не от полного имени, а от его народной версии. Это указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где полное имя употребляли редко, заменяя его домашним прозвищем.