Фамилия Сикун — редкий случай, когда прозвище сохранилось в чистом виде, без типичных фамильных суффиксов -ов, -ев или -ин. Такая «голая» форма (само прозвище стало фамилией) указывает на относительно позднее оформление или на украинское, белорусское происхождение, где подобные модели встречаются чаще.

Корень здесь — глагол «сикать» в значении «мочиться, испускать мочу». В русских говорах «сикун» — это либо прозвище недержащего мочу человека (ребёнка или старика), либо, по данным диалектных словарей, название мелкого дождика («сикун» — мелкий, моросящий дождь). Второе значение менее вероятно для личного прозвища, но полностью исключать его нельзя: так могли прозвать человека за привычку постоянно хмуриться или «капать» нравоучениями.

Есть и более прозаичная версия: в некоторых регионах «сикуном» называли работника, который занимался мочевым отстоем кож (в кожевенном деле использовали мочу для размягчения шкур). Если предок был кожевником или дубильщиком, прозвище могло закрепиться по профессии, а не по физиологии.

Фамилия встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине — в зоне влияния восточнославянских говоров, где суффиксация была необязательна. В письменных источниках XVIII–XIX веков её почти не найти: крестьяне и мещане с таким прозвищем редко попадали в ревизские сказки, а если и попадали, то чаще под фамилией Сикунов.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Сикунов, Сикалов, Сикачёв) показывает, что исходная основа «сик-» была довольно активна в прозвищной среде, но почти всегда обрастала суффиксами. Сикун — один из немногих случаев, когда прозвище не стали «облагороживать», оставив его в исходном, подчас грубоватом виде.