Фамилия Сильнованюченко — один из тех редких случаев, когда в одном слове соединились сразу две фамильные модели, каждая из которых указывает на разные этапы истории семьи. Чтобы понять её происхождение, нужно посмотреть не на корень, а на суффиксы, которые наслаивались друг на друга.

Основа фамилии — прозвище или мирское имя Сильнован. Это, скорее всего, народная, диалектная форма канонического имени Сильван (от латинского Silvanus — «лесной», божество лесов в римской мифологии). В русских говорах имя Сильван нередко произносили с добавочным «н» — Сильнован, а иногда и с «т»: Сильвант. Такое «наращение» согласного — обычное явление в народной этимологии, когда непривычное имя подгоняли под более понятные для уха окончания (-ан, -ян). Человек по имени Сильнован мог быть крестьянином или посадским, а имя давали при крещении, но в быту оно могло закрепиться как прозвище.

Далее вступает в дело украинская модель образования фамилий. Суффикс -юк (в форме -юченко) — типичный для центральной и западной Украины уменьшительно-патронимический показатель. Он означает «сын» или «потомок». То есть Сильнованюк — это «сын Сильнована». А вот финальное -енко — это уже «внук» или «маленький сын»: Сильнованюченко буквально значит «потомок сына Сильнована». Такая двойная патронимия — редкий, но не уникальный случай: она указывает на то, что фамилия закрепилась за семьёй в несколько этапов, возможно, при переписях или при переходе из одного региона в другой.

Географически фамилия скорее всего сформировалась в зоне контакта украинских и южнорусских говоров — в Слобожанщине, на Черниговщине или в Воронежской области. Именно там встречаются фамилии с двойным суффиксом, где украинское -юк «обросло» более поздним -енко, характерным для восточной Украины и юга России. В чисто украинской среде фамилия звучала бы как Сильнованюк, а форма на -енко выдаёт влияние русской административной традиции, где фамилии часто «подравнивали» под более привычный для чиновников суффикс.

Других версий, кроме как от имени Сильван, у этой фамилии нет. Корень «сильный» (от слова «сила») маловероятен: тогда бы мы имели Сильненко или Сильняк, но не Сильнован. Имя Сильван давалось в честь святого Сильвана, епископа Газского, память которого отмечается православной церковью, так что носитель фамилии мог быть потомком человека, родившегося в день этого святого или названного в честь него. Сословная принадлежность — почти наверняка крестьянская или казацкая: длинные сложные фамилии с двойным суффиксом редко встречались у дворянства, которое предпочитало более короткие и «благородные» формы.