Фамилия Силуяенова — редкий случай, когда географическое написание перевесило исходное звучание. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Силуянов, который закрепился в документах под влиянием местного произношения или окающего говора. Основа здесь — крестильное имя Силуян (каноническая форма Силуан), восходящее к латинскому Silvanus — «лесной», от silva (лес). В святцах это имя носил апостол от семидесяти, сподвижник Павла.

Суффикс -енов вместо привычного -ов указывает на то, что носитель фамилии или писари, фиксировавшие её, произносили имя через «е»: Силуян — Силуяен. Такое «наращивание» гласной типично для южнорусских и белорусских говоров, где в безударной позиции «я» и «е» могли смешиваться. Если бы фамилия образовалась по стандартной модели, мы бы имели Силуянов — отчество от Силуян: «сын Силуяна». Силуяенова же — результат того, что устная форма «Силуян» на письме превратилась в «Силуяен».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где имя Силуан было в ходу у старообрядцев и крестьян центральной России. В дореволюционных переписях встречаются единичные записи Силуяновых в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Фамилия не дворянская и не купеческая — её носителями были, как правило, крестьяне или мещане. Окончание -а выдает женскую форму: в быту так могли записать вдову или дочь, а затем фамилия закрепилась за потомками уже в неизменном виде.

Если сравнивать с однокоренными, то Силуяенова стоит в одном ряду с Силуановым, Силуяновым и более редким Силуянским. Отличие лишь в графике: корень тот же, а суффиксальная цепочка -ен-ов показывает, как устная речь корректировала письменную. Никакого отдельного значения у «лишней» буквы «е» нет — это чисто фонетическая примета.