Фамилия Силюнина — женская форма от Силюнин, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Силюня. В основе лежит просторечная форма имени Сила, восходящего к латинскому Silvanus (лесной, житель леса). В русской традиции имя Сила было нередким, особенно в крестьянской среде, и давалось с надеждой на физическую крепость ребёнка, ведь «сила» — слово понятное и без перевода. Уменьшительно-ласкательный суффикс -юн- (-ун-) в имени Силюня придавал оттенок просторечия или даже прозвищности: так могли называть не просто Силу, а, скажем, крепыша или, напротив, человека, который любил хвастаться силой.

Суффикс -ин в фамилии Силюнин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Силюни. Это типичная модель русских фамилий, особенно распространённая в северных и центральных губерниях. Морфологически фамилия стоит в одном ряду с такими, как Федюнин, Петюнин, Валюнин — все они образованы от разговорных форм канонических имён.

Географически фамилия Силюнин (и Силюнина) встречается в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждается данными современных телефонных справочников и архивных записей. Встречается она и в Вятской губернии, где имя Сила было особенно в ходу. Встречается и вариант написания с одной «н» — Силенин, но он менее точен этимологически: исходное имя Силюня даёт именно двойное «н» в фамилии, так как суффикс -ин присоединяется к основе, оканчивающейся на гласный.

Ошибочно связывать фамилию с «синим» или «синяком»: корень здесь другой, хотя в народной этимологии такое переосмысление возможно. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Силюниных из вотчин Строгановых, что подтверждает давнюю прописку фамилии в Прикамье.