Фамилия Синакаев — редкий случай, где за привычным русским суффиксом -ев скрывается нерусская основа. Если отбросить окончание, остаётся корень Синакай, который явно указывает на тюркское или кавказское происхождение. Скорее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Синакай, которое могло быть образовано от тюркского «сын» (ты, честь) или «сина» (грудь, а в переносном смысле — сила, опора). Вторая часть (-кай) — распространённый тюркский уменьшительно-ласкательный суффикс, как в именах Ахметкай, Исламкай. Таким образом, Синакай могло означать «почтенный», «крепкий» или «мой герой».

Фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русские и тюркские народы: Поволжье, Приуралье, Северный Кавказ. Встречается она и у осетин — там форма Синакаев фиксируется как фамилия дигорских тагиатов (одно из осетинских обществ). В осетинском языке «сина» имеет значение «вино», но вряд ли прозвище было связано с виноделием: скорее, имя пришло из арабского или тюркского через исламскую традицию. Вариант с конечным -ев, а не -ов, подсказывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й, что типично для фамилий, образованных от имён на -ай.

Сословно Синакаевы не принадлежали к дворянству — это фамилия крестьянская или казачья. В документах XIX века она встречается среди терских казаков и государственных крестьян Ставропольской губернии. Если предки носили такое прозвище, то, вероятно, отличались физической силой или занимали уважаемое положение в общине. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, и её носители разбросаны по югу России и Кавказу.