Фамилия Синакина образована от мужского имени или прозвища Синака, а оно, в свою очередь, — от слова «синяк». В русских говорах «синакой» (или «синякой») называли человека с тёмным, смуглым лицом, либо того, кто легко покрывается синяками. Реже так могли прозвать любителя синих чернил или синей одежды, но первое значение — внешний признак — самое вероятное.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Синакина — «дочь (или жена) Синаки», а изначально — «дочь Синакиного». В русской ономастике фамилии на -ин характерны для северных и центральных областей России, а также для тех, где основу составляли прозвища на -а, -я. Синакин — один из вариантов, а Синакина — его женская форма, закрепившаяся как фамилия.

Более редкий случай: если основа восходит к греческому имени Синаксий (от греч. synaxis — «собрание»), что маловероятно для массовой русской фамилии. Словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к типично русским прозвищным фамилиям, где корень — бытовое слово, а не календарное имя. Спорных версий тут нет: основная гипотеза — прозвище по цвету кожи или склонности к синякам — подтверждается словообразованием и аналогиями (Беляк, Черняк, Рыжак).

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно говорит о её крестьянском происхождении: прозвища давали в среде, где внешность была главным опознавательным знаком.