Фамилия Синатагин — редкий случай, когда географическая привязка оказывается почти на поверхности, а вот с корнем приходится повозиться. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия местности, и ключ к ней лежит в тюркских языках. Основа «синатаг» или «сина-таг» может восходить к тюркскому «таг» — гора, а первая часть, «сина», вероятно, означает «могила», «гробница» или «памятник». В таком варианте Синатагин — это человек, чей род происходит от горы, известной своими древними захоронениями, или от урочища, которое называли «Могильная гора». Такие названия нередки в Крыму, на Кавказе и в Средней Азии, где тюркские народы веками давали имена скалам и холмам по их приметам.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Синатагин, то есть сын Синатаги или выходец из местности Синатаг. Суффикс типичен для фамилий, возникших в среде, где русский язык смешивался с тюркским субстратом, например, у татар, башкир, ногайцев или у русских переселенцев, живших в окружении тюркских народов. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в великорусских регионах, -ин — более древняя и распространённая форма в Поволжье и на юге России, где фамилии нередко фиксировали прозвище или место без дополнительной русификации.

Другая, менее вероятная версия, — связь с арабским словом «сина» (грудь, передняя часть) или с греческим «синагога» (собрание), но эти гипотезы не выдерживают критики: для фамилии нужна бытовая основа, а не книжное заимствование. Тюркский «таг» (гора) — куда более живой и ходовой элемент в прозвищах. Если же предположить, что в основе лежит личное имя Синатагин (как вариант тюркского имени Сынатулла или Синатуллах), то суффикс -ин снова указывает на патроним, но такое имя не фиксируется в известных ономастических словарях.

В сословном плане носители фамилии Синатагин, скорее всего, относились к крестьянам или казакам — фамилии с тюркским корнем и русским суффиксом часто возникали в среде однодворцев, ясачных людей или служилых татар, которые переходили на русскую фамильную модель. В метрических книгах XIX века такая фамилия могла встречаться в Астраханской, Оренбургской или Таврической губерниях, но без массового распространения. Сегодня фамилия остаётся редкой, что только усиливает её связь с конкретным географическим объектом, который, возможно, уже исчез с карт или переименован.