Фамилия Синер — редкая для России, и её происхождение почти наверняка не связано с русской ономастической традицией. В русском языке нет корня «син-», который давал бы прозвище или имя, от которого можно было бы образовать фамилию с таким окончанием. Поэтому первое, что приходит в голову, — это иноязычное происхождение, скорее всего немецкое или еврейское.

В немецком языке «Sinner» (а именно так она чаще всего выглядит в оригинале) — это фамилия, образованная от слова «Sünder», то есть «грешник». В средние века так могли прозвать человека за какой-то проступок или, что вероятнее, дать «профилактическое» имя, чтобы отвести беду. В южных немецких диалектах, где произношение более твёрдое, «ü» перешло в «i», и «Sünder» превратилось в «Sinner». Есть и вторая, менее распространённая версия: от названия профессии «Sinner» — так в некоторых регионах называли сборщика податей или надсмотрщика (от «Sinn» — смысл, толк, то есть человек, который «доводит до смысла», заставляет платить).

Если же рассматривать фамилию как еврейскую (ашкеназскую), то она могла возникнуть как искусственная, «декоративная» фамилия, данная при получении обязательных фамилий в Австрийской империи в конце XVIII века. В этом случае её могли образовать от немецкого «sinnen» — «размышлять», «задумываться». Такую фамилию могли дать человеку, который считался задумчивым, или же просто как благозвучную, без прямой привязки к характеру.

В русском контексте носители фамилии Синер — это, скорее всего, потомки немецких колонистов, переселившихся в Россию при Екатерине II, или евреев, живших в черте оседлости. Фамилия почти не русифицировалась: её не переделывали в «Синерин» или «Синерев», потому что окончание -ер воспринималось как чужеродное, но устойчивое. Встречается она в основном на юге России, в Поволжье и в бывших губерниях, где были немецкие колонии. Словообразовательная модель здесь простая: основа — прозвище или имя нарицательное, а фамилия осталась без русского патронимического суффикса (-ов, -ин), что и указывает на её нерусское происхождение.