Фамилия Синицын (и её вариант Синиицын) — одна из самых прозрачных по происхождению русских фамилий. Она образована от прозвища или нецерковного имени Синица. Второе «и» в корне (Синиицын) — это историческое написание, отражающее двойную букву в суффиксе притяжательного прилагательного: «Синицин» через «и» в корне, но на письме до реформы орфографии 1918 года часто встречалось «Синицынъ» с «ы» после «ц», а вариант с двумя «и» (Синиицын) — редкая архаичная форма, которая сохранилась в отдельных семьях как дань традиции.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Синицын — буквально «сын Синицы» или «человек из рода Синицы». Прозвище Синица на Руси давали не за цвет одежды или характер, а по наблюдениям за птицей. Синица — бойкая, шумная, но не агрессивная птаха, поэтому прозвище могли получить люди подвижные, говорливые, суетливые или, наоборот, маленькие и юркие. В некоторых говорах «синицей» называли девушку-невесту с приданым, но это значение менее вероятно для основы фамилии.

Географически фамилия Синицын широко распространена по всей центральной России, но заметно чаще встречается в северных и вологодских землях, а также в Поволжье. В писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с этим прозвищем, что говорит о недворянском, народном происхождении. До отмены крепостного права Синицыны редко встречались среди высших сословий — это фамилия крестьян, ремесленников, однодворцев.

Ономасты (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят Синицына к группе «птичьих» фамилий, которые в России особенно многочисленны. Они возникли не от гербов и тотемов, а от бытовых прозвищ: человека могли назвать Соколом за зоркость, Воробьём за ростом, а Синицей — за голос или манеру быстро вертеться. Интересно, что фамилия Синицын — одна из немногих, которая почти не имеет параллельных форм (Синкин, Синьков) и сохранила исходное звучание без искажений.

Вариант написания Синиицын сегодня воспринимается как орфографическая редкость. В дореволюционных метрических книгах встречается и «Синицын», и «Синицин», и «Синиицын» — путаница шла из-за правил правописания «и» и «ы» после шипящих и «ц». Современный носитель фамилии с двойным «и» в корне, скорее всего, потомок семьи, которая зафиксировала написание до реформы и не меняла его при смене паспортов в XX веке.