Фамилия Синютенко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс означает «сын» или «потомок», то есть Синютенко — это буквально «сын Синюты». Такая модель была особенно распространена в Левобережной и Центральной Украине в XVII–XIX веках, и по ней образованы тысячи современных фамилий.

Основа фамилии — прозвище Синюта. Его происхождение напрямую связано с прилагательным «синий». В народной речи «синюта» могло означать человека с синюшным оттенком кожи — от болезни, холода, испуга или просто смуглого от природы. В славянских говорах «синюгой» или «синюхой» называли также растения с синими цветами (например, василёк или синюху), но в прозвищах чаще фиксировали внешний признак. Не исключено и переносное значение: «синий» в диалектах иногда связывали с пьянством («синий» как синеватый нос у выпивохи), так что Синютой могли прозвать человека, не чуравшегося хмельного.

Суффикс -ут(а) в прозвище Синюта — редкий, но не уникальный для украинских и белорусских говоров. Он придаёт слову оттенок уменьшительности или пренебрежения, как в словах «малюта» (маленький) или «толстута» (толстяк). То есть Синюта — это не просто «синий», а «синеватый, синюшный», что усиливает характеристику.

Географически фамилия Синютенко тяготеет к Черниговской и Полтавской областям, а также к югу Беларуси — регионам, где суффикс -енко доминировал в фамилиях крестьян и казаков. В документах XIX века носители фамилии часто записаны как казаки или мещане. Дворянской ветви у Синютенко, скорее всего, не было — фамилия оставалась простонародной.

Стоит отличать Синютенко от похожих фамилий: Синявский (от названия села Синява), Синельников (от слова «синель» — вид ткани) и Синицин (от птицы синицы). Все они имеют разные корни, и единственная связь — общий цветовой признак «синий» в основе.