Фамилия Сипапин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия связывает её с прозвищем, образованным от глагола «сипать» — в некоторых русских говорах это слово означало «сыпать», «бросать», «рассыпать». Соответственно, «сипапа» — человек, который что-то сыплет или рассыпает. Вряд ли речь идёт о конкретном ремесле (например, о мельнике, который сыплет зерно). Скорее прозвище давали по поведению: непоседе, который всё теряет и рассыпает, или, наоборот, щедрому человеку, который не жалеет добра.

Менее убедительна, но возможна связь с диалектным словом «сиплый» — хриплый, осипший. Тогда Сипапа — человек с хриплым голосом. Однако эта версия слабее: суффикс «-ап-» (или «-оп-») нехарактерен для образования прозвищ от прилагательных, а в основе «сипап-» отчётливо слышится глагольный корень.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Сипап-» добавили притяжательный суффикс «-ин», указывающий на принадлежность. Первоначально Сипапин — «чей?» — сын или потомок Сипапы. Фамилия с таким суффиксом типична для северных и центральных областей России, где активно использовалась эта модель. В южных и западных регионах чаще встречаются фамилии на «-енко» или «-ук».

География фамилии крайне узкая. По данным открытых источников, носители фамилии Сипапин фиксируются в основном на территории бывшей Вятской губернии (современная Кировская область) и в соседних регионах. Это типично для редких фамилий, которые не разошлись широко по стране и остались локальными. В дворянских родословных книгах фамилия не числится — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде простых людей.

Встречается вариант написания «Сепапин» — скорее всего, результат диалектного произношения или ошибки писаря. В дореволюционных документах фамилию могли записывать на слух, поэтому «и» и «е» в безударной позиции путали.