Фамилия Сипаева — женская форма фамилии Сипаев, а та образована от прозвища Сипай. В основе лежит диалектный глагол «сипать» или «сипеть», и тут сразу возникает несколько версий происхождения. Самый прямой путь — от слова «сиплый», то есть хриплый, с надорванным голосом. В русских говорах «сипой» или «сипай» называли человека с осипшим голосом, что могло стать метким прозвищем. Однако есть и другой, более неожиданный вариант.

В рязанских и тамбовских говорах «сипать» означало «сыпать, бросать, рассыпать». Отсюда прозвище Сипай могли дать человеку неаккуратному, разбрасывающему вещи, или, наоборот, тому, кто работал с сыпучими материалами — например, ссыпал зерно. Встречается и значение «бить, колотить» — тогда прозвище могло принадлежать драчуну.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Сипай добавили патронимический суффикс -ев (вместо -ов после мягкого согласного). Первоначально Сипаев — «сын Сипая». Фамилия редкая, её географическое ядро, судя по современным данным, тяготеет к Среднему Поволжью и Приуралью, что косвенно указывает на переселенческие потоки из центральных губерний.

Любопытно, что фамилия Сипаев встречается и у мордвы-эрзи, где могла возникнуть независимо, от местного прозвища. Но для русской ветви версия с голосом или действием «сыпать» остаётся основной.