Фамилия Сипутин образована от прозвища или нецерковного имени Сипута. Основа слова — «сип», которое в русских говорах имело несколько значений. В одном случае Сипутой могли назвать человека с хриплым, сиплым голосом. В других диалектах слово «сип» означало «сыч» или «филин» — птицу, чей голос тоже не назовёшь звонким. Прозвище по голосу давали часто: вспомните фамилии Сипягин, Сипкин, Сипцов — все они из того же гнезда.

Суффикс -утин в фамилии указывает на её исконно русское происхождение и на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил в центральных или северных областях России. Модель образования простая: к основе Сипут- добавили патронимический суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?». То есть Сипутин — буквально «сын Сипуты». Такая модель типична для фамилий, возникших в крестьянской и мещанской среде в XV–XVII веках.

Стоит заметить, что в некоторых говорах слово «сипута» могло означать не только человека, но и предмет: так иногда называли старую, протекающую лодку или дырявую посуду. Вряд ли это значение стало основой прозвища — скорее всего, оно вторично и возникло как насмешливое переносное употребление.

Географически фамилия Сипутин встречается нечасто. Основные очаги — Вологодская и Архангельская области, что косвенно подтверждает северное происхождение. В южных областях России она практически не фиксируется. Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, что характерно для фамилий, возникших в среде свободных крестьян, а не дворянства.